Структура Генеральной прокуратуры РФ так же, как и иных прокуратур, постоянно модифицируется в соответствии с изменениями задач, стоящих перед ней, функций и приоритетов в ее деятельности.
Так, в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 13.05.2000 г. №849 «О полномочных представителях Президента Российской Федерации в федеральных округах» были образованы семь федеральных округов.
В связи с этим Генеральным прокурором РФ в целях обеспечения в федеральных округах прокурорского надзора был издан приказ №98 от 5.06.2000 г. «Об образовании управлений Генеральной прокуратуры Российской Федерации в федеральных округах» и в составе Генеральной прокуратуры РФ были образованы управления в Центральном, Северо-Западном, Приволжском, Уральском, Сибирском и Дальневосточном федеральных округах.
Функции управления в Южном федеральном округе были
возложены на Главное управление по надзору за исполнением законов о федеральной безопасности и межнациональным отношениям на Северно Кавказе.
В 2002 году управления были преобразованы в отделы, которые являются самостоятельными структурными подразделениями Генеральной прокуратуры РФ и не заменяют других ее подразделений.
Отделы Генеральной прокуратуры РФ осуществляют руководство и контроль за деятельностью находящихся в федеральных округах прокуратур субъектов Российской Федерации, в рамках предоставленных им полномочий и предметов ведения.
Отделы проводят комплексные, а также целевые проверки, если они предусмотрены планом Генеральной прокуратуры РФ либо по поручению Генерального прокурора РФ.
При выполнении возложенных на них функций отделы поддерживают деловые связи с научными и образовательными учреждениями, а также взаимодействуют с полномочными представителями Президента РФ в федеральных округах.
Отделы регулярно обмениваются информацией и материалами о состоянии законности, результатах надзора в сфере государственного строительства и федерализма, а также о соблюдении законов федеральными органами исполнительной власти в федеральном округе с управлениями
Генеральной прокуратуры РФ по надзору за исполнением законов и законностью правовых актов, за исполнением налогового и таможенного законодательства, за предварительным следствием, дознанием и оперативно-розыскной деятельностью в органах внутренних дел. Возглавляют отделы старшие помощники Генерального прокурора РФ.
Деятельность отделов Генеральной прокуратуры РФ в федеральных округах призвана обеспечить:
соблюдение на территории федерального округа положений Конституции РФ и других федеральных законов в сфере государственного строительства и федерализма,
надзор за исполнением законов федеральными органами исполнительной власти в федеральном округе,
координацию мер по борьбе с преступностью федеральных органов исполнительной власти в федеральном округе, осуществляющих оперативно-розыскную деятельность, дознание и предварительное следствие,
руководство и контроль за работой прокуратур субъектов Федерации в округе по надзору за исполнением законов в сфере государственного строительства и федерализма.
В настоящее время действуют управления и отделы Генеральной прокуратуры в Южном, Северо-Кавказском, Центральном, Северо-Западном, Приволжском, Уральском, Сибирском, Дальневосточном.
В связи с присоединением Крыма к России 21.03.2014г. был образован Крымский федеральный округ, в состав которого входили два субъекта федерации: Республика Крым и город федерального значения Севастополь. По количеству субъектов, численности населения, размерам территории округ являлся самым маленьким среди федеральных округов.
Поэтому в нем не были созданы управления и отделы Генеральной прокуратуры.
Указом от 28.07.2016 г. № 375 «О Южном федеральном округе» Президент России В.В. Путин включил Крымский федеральный округ в состав Южного федерального округа, с преобразованием их в один Южный федеральный округ.
Таким образом, управления и отделы Генеральной прокуратуры РФ действуют на территории восьми федеральных округов.