Система и структура органов прокуратуры, по сравнению с другими правоохранительными органами, является достаточно стабильной. В то же время в последние годы произошли изменения, направленные на оптимизацию системы и структуры органов прокуратуры.
Так, в 2000-2001 гг. в системе органов прокуратуры были созданы управления Генеральной прокуратуры РФ в федеральных округах, реорганизованы (ликвидированы) городские прокуратуры в городах с районным делением в ряде субъектов Федерации, упразднены транспортные прокуратуры, действовавшие на правах прокуратур субъектов Федерации, специализированные прокуратуры вошли в систему прокуратур, подчиненных прокурорам субъектов Федерации.
Однако самым серьезным и эпохальным событием для системы прокуратуры Российской Федерации стали изменения, которые произошли в 2007 году. Принятие Федерального закона от 05.06.2007 № 87-ФЗ «О внесении изменений в Уголовно-процессуальный кодекс РФ и Федеральный закон О прокуратуре РФ».
Все это ознаменовало в стране начало процесса создания вневедомственной модели построения органов следствия.
Этим Законом в системе прокуратуры Российской Федерации был предусмотрен обладающий значительной автономией Следственный комитет при прокуратуре РФ, состоящий из Главного следственного управления Следственного комитета при прокуратуре РФ, следственных управлений
Следственного комитета при прокуратуре РФ по субъектам РФ и приравненных к ним специализированных следственных управлений Следственного комитета при прокуратуре РФ, в том числе военных следственных управлений Следственного комитета при прокуратуре РФ, а также следственных отделов Следственного комитета при прокуратуре РФ по районам, городам и приравненных к ним специализированных следственных отделов Следственного комитета при прокуратуре РФ, в том числе военных следственных отделов Следственного комитета при прокуратуре РФ.
С 7 сентября 2007 года Следственный комитет при прокуратуре РФ начал функционировать как специальный государственный орган, наделенный полномочиями на осуществление предварительного следствия по уголовным делам, отнесенным к его подследственности.
С 28.12.2010 г. Следственный комитет Российской Федерации является самостоятельным федеральным государственным органом, осуществляющим в соответствии
с законодательством Российской Федерации полномочия в сфере уголовного судопроизводства.
Такие масштабные организационные мероприятия в стране не могли не сказаться на дальнейшем построении системы органов прокуратуры и организации прокурорского за вновь созданным самостоятельным Следственным комитетом.
В настоящее время систему прокуратуры РФ в ред. Федерального закона от 21.07.2014 г. составляют Генеральная прокуратура Российской Федерации, прокуратуры субъектов Российской Федерации, приравненные к ним военные и другие специализированные прокуратуры, научные и образовательные организации, редакции печатных изданий, являющиеся юридическими лицами, а также прокуратуры городов и районов, другие территориальные, военные и иные специализированные прокуратуры.